Evangelion trata de una organización militar secreta llamada NERV que lucha contra unos seres alienígenas conocidos como los Ángeles usando gigantes biomecánicos llamados Evangelion, operados por adolescentes. La historia sigue al protagonista, Shinji Ikari, y a otros pilotos mientras combaten y exploran los misterios de los Evangelion, el Proyecto de Complementación Humana y sus propios traumas psicológicos.